Las aplicaciones has de bajarlas de nuevo (no hace falta pagarlas), las tienes registradas en tu cuenta de iTunes... si te las bajas de nuevo, no te cobrarán (un mensaje te lo confirmará).
Así que sólo tienes que construir de nuevo tu librería en iTunes importando la música de nuevo, bajando las apps etc y sincronizars con el iPhone. Los emails contactos etc que no tengas en Outlook se perderán, por eso recomendamos siempre sincronizar con algo online, como Google Calendar, Google Contacts, etc.
http://iphoneros.com/?p=2583