Desde Safari no puedes hacer más que ver webs (e instalar perfiles de red pero eso es otra historia).
Si, podrás usar itunes y la App Store, nada cambia. Para saber qué te interesa y no te interesa de Cydia, puedes comprobar las aplicaciones de Cydia de las que hablamos en la categoría de Cydia de iPhoneros.com - dedica una horita a leer esto tranquilamente y podrás ver cosas que te interesan, qué se puede hacer con ellas, etc.
http://iphoneros.com/?cat=127